Spillet er nå tilbake med en sterkere fiende, kraftigere våpen samt nye steder og evner. Project Origin gjenopptar den gripende fortellingen full av action og skrekk som ble innledet i det forrige FEAR-spillet. Handlingen starter kort før slutten på det første spillet, når Special Forces-teamet er på et rutineoppdrag, og byen Auburn rystes av en overnaturlig eksplosjon. Alma har nemlig sluppet løs sin vrede over byen. FEAR 2 – Project Origin er oppfølgeren til det populære FEAR 1.